Клуб покинул Бундеслигу в 1980 году на один сезон и вернулся туда со своим новым тренером Отто Реххагелем для новых побед: второе место в 1983 и 1986 годах, и еще одно звание чемпиона в 1988 году. В Кубке Германии Вердер выходил в финал в 1989 и 1990 годах, но окончательно победил в 1991 году. В последующем Европейском Кубке Кубков Бремен также был успешен и выиграл его в 1992 году. В 1993 году Вердер стал чемпионом в третий раз. Кубок Германии был выигран снова и на следующий год, 1994.

В 1995 году Рехагель ушел из команды, чтобы тренировать Баварию Мюнхен, и это привело к кризису, который был разрешен только в 1999 году с приходом нового тренера Томаса Шаафа. Бремен выиграл у Баварии в финале Кубка. Последующие годы клуб закрепился в верхней половине таблицы лиги.

В 2004 году, спустя пять лет при Томасе Шаафе, Вердер завоевал свой 4-й титул чемпиона. Команда вырвалась на 9 очков вперед и имела две игры в запасе, перед выездной игрой с вечным соперником — Баварией. Вердер победил 3:1 и оформил чемпионство. Чуть позже победили команду из Второй Бундеслиги Алеманию (Аахен) 3:2 в финале Кубка Германии. Это был 5-й кубок в истории клуба. В итоге, в 2004 был сделан золотой дубль (его добивались только четыре команды в Германии).

В 2009 году команда пробилась в финал Кубка УЕФА, но проиграла в дополнительное время Донецкому Шахтеру 1:2. Но зато выиграла в финале кубка Германии у Леверкузенского Байера 1:0, завоевав 6-й кубок в своей истории.

Достижения
Чемпион Германии: 1965, 1988, 1993, 2004.
Серебряный призер чемпионата Германии 7: 1968, 1983, 1985, 1986, 1995, 2006,2008.
Бронзовый призер чемпионата Германии 4: 1989, 1991, 2005, 2007
Обладатель Кубка Германии 6: 1961, 1991, 1994, 1999, 2004, 2009.
Обладатель Суперкубка Германии 4: 1988, 1993, 1994, 2006
Обладатель Кубка Кубков 1: 1992 года.
Финалист Кубка УЕФА: 2009.
Интересные факты
В евросезоне 1987/88 команде выпало дважды подряд (в 1/16 и в 1/8 финала) играть с советскими командами — «Спартаком» (Москва) и «Динамо» (Тбилиси). В 4-х матчах «Вердеру» удалось забить в ворота соперников 10 мячей, что явилось неприятным сюрпризом для поклонников футбола в СССР
Известные игроки
Мирко Вотава
Манфред Бургсмюллер
Оливер Рек
Томас Шааф
Ули Боровка
Руди Фёллер
Франк Нойбарт
Марио Баслер
Марко Боде
Дитер Айльтс
Карл-Хайнц Ридле
Тим Боровски
Мирослав Клозе
Торстен Фрингс
Пер Мертезакер
Франк Бауманн
Андреас Херцог
Руне Братсет
Уинтон Руфер
Виктор Скрипник
Юрий Максимов
Владимир Бесчастных
Йоан Мику
Аилтон