К 1920 году число членов клуба достигло 700 человек, и «Бавария», таким образом, стала крупнейшим футбольным клубом Мюнхена. В 1926 году баварцы победили в чемпионате Южной Германии, а в 1932 году клуб из Мюнхена впервые стал чемпионом Германии, обыграв в финале «Айнтрахт» (Франкфурт) со счетом 2:0.

После победы в чемпионате последовал долгий перерыв, в течение которого «Бавария» не могла выиграть какой-либо титул. В 1957 году «красные» выиграли свой первый Кубок, после которого вновь последовал период без побед. Кроме того, в 1963 году баварцы остались за бортом новообразованной бундеслиги. Но двумя годами позже начался мощный подъем клуба. В 1965 году баварцы завоевали право выступать в бундеслиге, а в 1966 и 1967 годах были выиграны два подряд Кубка ФРГ. В это время в клубе появились такие талантливые игроки, как Франц Беккенбауэр и Герд Мюллер, ставшие впоследствии легендарными игроками клуба и всего немецкого футбола. В 1967 году баварцы выиграли первый европейский трофей – Кубок обладателей кубков благодаря голу Франца Рота на 109-й минуте против «Глазго Рейнджерс».

В 1969 году «Бавария» выиграла свой второй чемпионский титул, а также очередной Кубок. В 1972 году баварцы переехали на Олимпийский стадион, а команду принял тренер Удо Латтек, под руководством которого команда трижды подряд становилась чемпионом Германии (1972-1974).

В период с 1974 по 1976 годы под руководством того же Латтека «Баварии» удался другой своеобразный «хет-трик»: команда трижды выигрывала Кубок чемпионов. К уже игравшим Беккенбауэру и Мюллеру добавились новые звезды: Ули Хенесс, Пауль Брайтнер, Зепп Майер и другие. Эти же игроки в 1974 году стали чемпионами мира в составе сборной ФРГ. В 1976 году «красные» выиграли первый Межконтинентальный кубок, обыграв бразильский «Крузейро».

В 1980 году баварцы выиграли очередной чемпионский титул. В это время в клубе появился очередной талант – нападающий Карл-Хайнц Румменигге, который образовал связку с другим форвардом – Паулем Брайтнером, и которые вместе образовали грозный тандем «Брайтнигге». В 80-е годы команда выиграла еще несколько чемпионатов ФРГ, но европейские успехи обходили команду стороной. В 1990 году, когда сборная ФРГ стала чемпионом мира, в ее составе было шесть представителей «Баварии».

90-е годы охарактеризовались частой сменой тренеров. В начале десятилетия клуб оказался под угрозой вылета из бундеслиги, и только вмешательство Франца Беккенбауэра и Карла-Хайнца Румменигге, ставших руководителями клуба, спасло команду. Затем снова последовал подъем и очередные чемпионские титулы, а также Кубок УЕФА 1996 года.

В конце 90-х годов команду принял Оттмар Хитцфельд, ставший впоследствии наиболее успешным тренером клуба последнего десятилетия. В 1999 году команда дошла до финала Лиги чемпионов, где в драматичном матче проиграла клубу «Манчестер Юнайтед» со счетом 1:2. Победа в Лиге чемпионов все же состоялась – в 2001 году в не менее драматичном поединке против «Валенсии». Завершив основное и дополнительное время вничью (1:1), мюнхенцы вырвали победу в серии пенальти.

В 2004 году Хитцфельда сменил Феликс Магат. Несмотря на то, что Магату удались два «золотых дубля» (2005 и 2006), в 2007 году он был уволен со своего поста. Причиной этому являлось отсутствие успехов на европейской арене. Кроме того, в клубе очень силен так называемый «баварский» дух, и тренерам, не являвшимся коренными баварцами (коим и был Магат), было очень трудно завоевать доверие руководства. Следующие полтора сезона после увольнения Магата командой вновь управлял Оттмар Хитцфельд, добившийся «дубля» в сезоне 2007-2008. 1 июля 2008 года руководство командой принял Юрген Клинсманн, который, кстати, тоже не является коренным баварцем.

Основные достижения «Баварии» за всю историю: 21-кратный чемпион Германии (1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006, 2008), 14-кратный обладатель Кубка Германии (1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008), 6-кратный обладатель Кубка Германской лиги (1997, 1998, 1999, 2000, 2004, 2007), 3-кратный обладатель Суперкубка Германии (1983, 1987, 1990), 4-кратный победитель Лиги чемпионов (1974, 1975, 1976, 2001), обладатель Кубка УЕФА 1996 года, обладатель Кубка обладателей кубков 1967 года, 2-кратный обладатель Межконтинентального Кубка (1976, 2001).

Известные игроки в истории клуба: Франц Рот, Франц Беккенбауэр, Герд Мюллер, Ули Хенесс, Пауль Брайтнер, Зепп Майер, Ханс-Георг Шварценбек, Дитер Хенесс, Карл-Хайнц Румменигге, Клаус Аугенталер, Роланд Вольфарт, Лотар Маттеус, Штефан Эффенберг, Оливер Кан, Мехмет Шолль, Карстен Янкер, Михаэль Баллак, Джованни Элбер, Зе Роберто, Франк Рибери, Лука Тони, Мирослав Клозе.

Тренеры, работавшие с командой: Златко Чайковский, Удо Латтек, Пал Чернаи, Юпп Хайнкесс, Эрих Риббек, Франц Беккенбауэр, Джованни Трапаттони, Отто Рехагель, Оттмар Хитцфельд, Феликс Магат, Юрген Клинсманн.