В 1938-м клуб вышел в высшую союзную лигу. Перед началом второй мировой войны дончане провели блестящую серию матчей, где были обыграны чемпионы из московского «Динамо» и их одноклубники из Минска. А уже во время войны «Стахановец» сыграл матчи в Тбилиси и Сталино.

В 1946 году общество «Стахановец» было преобразовано и получило свое нынешние имя – «Шахтер». Через год команду возглавил тренер Василий Костылев. Под его руководством «горняки» заняли второе место в украинской зоне, а уже через три года вышли в высший дивизион советского футбола.

Сезон в элите получился провальным: «Шахтер» потерпел 21 поражение в 34 матчах. Как следствие команду возглавил новый тренер – Георгий Мазанов. В 1950 году «Шахтер» занял 11-е место, а спустя год выиграл бронзу и дошел до полуфинала Кубка.

Во второй половине 50-х в клубе началась тренерская чехарда, что привело к вылету «горняков» из элитного дивизиона, однако очередные реформы в чемпионате сохранили «Шахтеру» место в высшей лиге.

В 1960 году главным тренером дончан стал Олег Ошенков. Долгих десять лет этот специалист будет успешно тренировать клуб. В первый же год под руководством Ошенкова команда выиграла Кубок СССР – в финале были повержены московские торпедовцы, а через год – в 1962-м – вновь повторили успех в этом турнире, победив в финале «Знамя труда». Своеобразный хет-трик «Шахтеру» сделать не удалось, свой третий финал горянки проиграли московскому «Спартаку».

Кубковая команда, как называли донецких футболистов, смогла добиться относительного успеха и в чемпионате – в сезоне-1964 «Шахтер» занял пятое место. В конце десятилетия ушел в отставку Ошенков – тренер, чье имя вписано золотыми буквами в историю клуба.

В 1971 году «Шахтер» покинул элитный дивизион, но расставание длилось недолго: уже через два сезона клуб под руководством Олега Базилевича вернулся в высшую лигу. Перед серебряным чемпионатом 1975 года главным тренером команды стал Виктор Сальков, именно под его началом «Шахтер» выдал потрясающий сезон, победы над «Зенитом», «Спартаком» и ЦСКА придали команде сил, а в последнем туре «горняки» переиграли ереванский «Арарат» 3-0, завоевав таким образом серебряные медали.

Через год команда заняла пятое место. В 78-м и 79 году «Шахтер» выиграл бронзовые и серебряные медали, соответственно, а нападающий Виталий Старухин был назван лучшим футболистом страны.

В начале 80-х «Шахтер» неудачно выступал в чемпионате, зато дважды победил в Кубке страны, обыграв в финальных матчах тбилисское «Динамо» и харьковский «Металлист». Звание кубкового бойца «Шахтер» подтвердил в матче за Суперкубок, переиграв «Днепр». К тому же, «горняки» получили право на выступление в Кубке Кубков, и пробились в весеннюю стадию этого турнира.

В конце десятилетия «Шахтер» играл неровно: в 1986-м занял шестое место, а уже через три года чуть не покинул элиту. С развалом союза из «Шахтера» ушли такие футболисты как Сергей Ребров и Сергей Щербаков, и к первому чемпионату Украины команда подошла заметно ослабленной. Это обстоятельство не помешало «Шахтеру» претендовать на золото, но ничья с «Таврией» вынудила «горняков» бороться лишь за бронзу с «Днепром», где дончане уступили своим конкурентам в очном споре 2-3.

Первые украинские медали «Шахтер» выиграл в сезоне-1993/94, завоевав серебро. В 1995 году был выигран национальный кубок, в финале «Шахтер» победил по пенальти все тот же «Днепр».

В 1996 году новую страницу в истории клуба открыл президент Ринат Ахметов – человек, с именем которого связаны все успехи «Шахтера» в последние годы. При нем «Шахтер» не опускался ниже второго места, а в 2000 году команда впервые в истории попала в групповой этап Лиги чемпионов, обыграв в квалификационном раунде по сумме двух матчей пражскую «Славию». Главным событием того розыгрыша стала дуэль с лондонским «Арсеналом» на стадионе «Хайбери»: украинский клуб сенсационно выигрывал 2-0 , но в итоге проиграл, пропустив три мяча.

В 2002 году к первому национальному золоту «Шахтер» привел итальянский специалист Невио Скала. После ухода Виктора Прокопенко дончан тренируют только иностранцы: после Скалы с клубом работали немец Бернд Шустер и румын Мирча Луческу. Под руководством последнего клуб повторил успех еще трижды, в 2005-м, 2006-м и 2008 годах став чемпионом страны.

После побед на домашней арене Ринат Ахметов поставил задачу построить команду европейского уровня, но успехи в Европе долгое время не приходили к клубу. В 2008 году «Шахтеру» набрал рекордные 9 очков в групповой стадии Лиги чемпионов, но досадное поражение в последнем туре от «Барселоны» оставило украинский клуб за чертой участников плей-офф.

В сезоне 2008/2009 Шахтер наконец то воплотили в жизнь мечту, взять еврокубок, выиграв Кубок УЕФА! В финале «Шахтер» обыграл бременский «Вердер» со счетом 2-1. За Шахтер забили Адриано и Жадсон, лучшим игроком матча стал капитан «Шахтера» Дарио Срна.

Из футболистов, защищавших цвета «Шахтера», отметим Валерия Лобановского, Виталия Старухина, Анатолия Тимощука, Сергея Реброва, Виктора Онопко, Андрея Канчельскиса.